Le Conseil d’Administration est souverain dans ses décisions, éclairé dans ses choix par les Comités Paritaires Professionnels qui sont également en charge d’appliquer les décisions.
 
Un directeur met en œuvre les orientations, la stratégie et les objectifs définis par le Conseil d’Administration. Il organise, conduit, contrôle l’activité en allouant les moyens nécessaires.
 
L'activité de financement des actions de formation par l’UNAGECIF repose sur les cotisations légales versées chaque année par les employeurs concernés : 0,2 % de la masse salariale brute pour les CDI, 1 % de la masse salariale brute pour les CDD, soit une collecte globale de près de 30 millions d'euros en 2012.